Κεντρικό ρόλο στη σκέψη του Ντιρκέμ έπαιξε το πρόβλημα της σχέσης του ατόμου με το κοινωνικό σύνολο. Όχι μόνο διότι ήθελε να αντικρούσει τις θεωρίες του ατομισμού, όπως και του ψυχολογισμού, αλλά και επειδή πρόθεσή του ήταν να πάρει θέση στο κεντρικό πρόβλημα της εποχής του, που όπως ο ίδιος το αντιλαμβανόταν ετίθετο με τη μορφή: «Ποια είναι η επιλογή που πρέπει να κάνουμε ως κοινωνία: του ατομισμού που σημαίνει καπιταλισμός ή του κοινωνικού συνόλου που σημαίνει σοσιαλισμός;» Το ζήτημα αυτό ο Ντιρκέμ το πραγματεύθηκε σε μια σειρά διαλέξεων με θέμα τη «σχέση του σοσιαλισμού με την κοινωνιολογία», που εκδόθηκαν  μετά το θανατό του, όπως και σε άρθρο του 1903.

Εμίλ Ντιρκέμ: Συνέβαλε στην εξέλιξη της επιστήμης της κοινωνιολογίας

Στο ερώτημα λοιπόν τι προηγείται, το άτομο ή η κοινωνία, ο Ντιρκέμ τοποθετήθηκε υπέρ της κοινωνίας. Το ότι η κοινωνία, το κοινωνικό σύνολο έχει προτεραιότητα έναντι του ατόμου δεν ήταν για τον Ντιρκέμ μόνο θεωρητική και μεθοδολογική αρχή. Ήταν επίσης και ιστορικό γεγονός. Επιβεβαιώνεται από την ιστορία: Η συναίσθηση του εαυτού μας ως ξεχωριστών ατόμων, ως αυτόνομων μονάδων με ακεραιότητα και ατομική συνείδηση είναι προϊόν της ιστορικής εξέλιξης και φαινόμενο μεταγενέστερο στην ιστορία. O Nτιρκέμ συνδέει την εξέλιξη αυτή με την ανάπτυξη του κοινωνικού καταμερισμού της εργασίας. Για τον Ντιρκέμ ο ατομισμός, που είναι στενά συναρτημένος με τις συνθήκες οι οποίες χαρακτηρίζουν τη νεότερη και τη σύγχρονη κοινωνία, έχει διαμορφωθεί ως ένα «δόγμα», ως ένα είδος ηθικής και απαραβίαστης δέσμευσης της κοινωνίας απέναντι στα επιμέρους άτομα που την απαρτίζουν. Αυτός ο ατομισμός στον πυρήνα του περιλαμβάνει τον σεβασμό στο «ανθρώπινο πρόσωπο, οπουδήποτε και αν αυτό βρίσκεται». Η σημερινή ηθική προστάζει, γράφει ο Ντιρκέμ, ότι η «ανθρώπινη προσωπικότητα είναι ένα ιερό πράγμα». Αυτά λοιπόν που ο Ντιρκέμ ελέγχει και απορρίπτει είναι ο «ωφελιμιστικός ατομισμός» και ο «εγωισμός» που αυτός συνεπάγεται. Ο ωφελιμιστικός εγωισμός συνιστά την αρνητική εκδοχή του «ηθικού ατομισμού». Ο «ηθικός ατομισμός» αποτελεί «το μόνο σύστημα πίστεων που μπορεί να διασφαλίσει την ηθική ενότητα της χώρας», γράφει ο Ντιρκέμ, εννοώντας τη Γαλλία. Ο Ντιρκέμ εργάσθηκε για την εδραίωση της Τρίτης Γαλλικής Δημοκρατίας και ήταν οπαδός των φιλελεύθερων ιδεών που την ενέπνεαν. Προσπάθησε λοιπόν να υποστηρίξει ότι οι αντιλήψεις και οι πεποιθήσεις που έχουν ως επίκεντρό τους τη δράση του ατόμου που υπεισέρχεται σε σχέσεις ιδιωτικών συμβάσεων, οι αντιλήψεις για τις θετικές συνέπειες όσον αφορά την κοινωνία και την κοινωνική ισορροπία της ελεύθερης ατομικής πρωτοβουλίας και της επιδίωξης του ίδιου οφέλους, όσον αφορά τα δικαιώματα και τις ελευθερίες του ατόμου, μπορούν να συνυφαίνονται με ρυθμίσεις και αξίες, με θεσμούς που υπηρετούν το κοινωνικό σύνολο και υπερβαίνουν τα περιορισμένα συμφέροντα των ατόμων . Ο Ντιρκέμ πίστευε ότι η ισορροπία ανάμεσα στο γενικό καλό και τις ατομικές ελευθερίες, στην κοινωνική ευημερία και την ατομική ευτυχία είναι δυνατόν να επιτευχθεί στο πλαίσιο της κοινωνικής ηθικής, των ηθικών δηλαδή πίστεων που μπορούν να δεσμεύουν τα άτομα και των πρακτικών που εδράζονται στους κοινωνικούς θεσμούς, θεσμούς που μπορούν να εξασφαλίσουν τη διαχείριση των κοινωνικών αντιθέσεων. Τέτοιου είδους θεσμοί, πίστευε ο Ντιρκέμ, είναι δυνατόν να εδράζονται στις παραδόσεις τις κοινωνίας, να καθιερώνονται από τις παραδεδομένες κοινωνικές πίστεις και τα συναισθήματα των ανθρώπων στο ηθικό, με άλλα λόγια, πλαίσιο ή περιβάλλον εντός του οποίου ζουν. Πιο συγκεκριμένα, ο Ντιρκέμ ανέθετε τον σημαντικό αυτό ρόλο στις κοινωνικές λειτουργίες της εκπαίδευσης, στην ηθική αναμόρφωση και των επαγγελματικών ενώσεων και στις κρατικές κοινωνικές πολιτικές και μεταρρυθμίσεις, παρόλο που ήθελε να ελέγξει την, όπως ειπείν, ολοκληρωτική επιβολή του κράτους επί της κοινωνίας. Το κράτος όφειλε να διατηρεί τον χαρακτήρα του «οργάνου της κοινωνίας», να εκφράζει τη ζωή της. Αυτή η προσπάθεια του Ντιρκέμ χαρακτηρίσθηκε ως μια «κοινοτιστική» υποστήριξη του φιλευλευθερισμού» και έχει γίνει αντικείμενο συζήτησης στο πλαίσιο της τρέχουσας διαμάχης κοινοτιστών και φιλελευθέρων.

Η φύση του ανθρώπου είναι για τον Ντιρκέμ εξ ορισμού κοινωνική. Ακριβέστερο είναι, ίσως, να πούμε ότι η κοινωνία συνιστά το προϊόν της αυθόρμητης κοινωνικότητας που χαρακτηρίζει τον άνθρωπο. Με αυτό όμως ο Ντιρκέμ δεν θέλει να διατυπώσει ή να δεχθεί μια οιουδήποτε είδους οντολογική ή ουσιολογική αντίληψη για την ανθρώπινη φύση. Να προσδιορίσει δηλαδή την κοινωνικότητα ως μια ουσία, ως μια οντολογική πραγματικότητα την οποία μπορούμε να αναζητήσουμε και να προσδιορίσουμε, να συλλάβουμε δηλαδή, ανεξαρτήτως των συγκεκριμένων κοινωνιών και των ιστορικών συνθηκών που διαμορφώνουν τη ζωή των ανθρώπων και η οποία κοινωνικότητα βρίσκει την έκφρασή της στα επιμέρους άτομα. Η κοινωνία ως ένα σύνολο, ως μια συνεκτική ενότητα ανθρώπων με κοινότητα αντιλήψεων, πεποιθήσεων και συναισθημάτων, είναι αυτή που διαμορφώνει τα επιμέρους άτομα από τα οποία απαρτίζεται. «Το άτομο» γράφει «είναι αδιάσπαστο μέρος της κοινωνίας εντός της οποίας γεννιέται. Η τελευταία (η κοινωνία) διεισδύει σ’ αυτό από κάθε μέρος. Το να απομονώνει κανείς και να ξεχωρίσει εαυτόν απ’ αυτήν ισοδυναμεί με το να εξουδετερωθεί».

Έτσι, η «λατρεία της ατομικής προσωπικότητας» χαρακτηρίζει τη νεότερη βιομηχανική κοινωνία και εξηγείται από τις μορφολογικές συνθήκες που τη συνθέτουν. Δεν μπορεί δηλαδή η ατομική αυτονομία και η ατομική ηθική συνείδηση να εκληφθούν ως υπερκοινωνικές, υπεριστορικές έννοιες, ως υπερβατικά ιδεώδη. Αντιθέτως, το ηθικό ιδεώδες είναι αυτό που έχει διαμορφωθεί και ανταποκρίνεται στις κοινωνικές συνθήκες της νεότερης αστικής ευρωπαϊκής κοινωνίας. Συναρτάται προς τους δημοκρατικούς θεσμούς, την ανάπτυξη της βιομηχανίας και την επέκταση της αγοράς. Συναρτάται, με άλλα λόγια, με το κοινωνικό υπόστρωμα της νεότερης κοινωνίας. Γράφει λοιπόν ο Ντιρκέμ:

Η χαρακτηριστική ιερότητα με την οποία είναι επενδεδυμένο το ανθρώπινο ον σήμερα (……) δεν είναι εγγενής. Εάν αναλύσουμε τον άνθρωπο όπως εμφανίζεται στην εμπειρική ανάλυση, δεν θα βρούμε τίποτε που να ανταποκρίνεται στην ιερότητα αυτή. Ο άνθρωπος είναι ένα ιστορικό (χρονικό) ον. Αλλά (…..) το ανθρώπινο ον καθίσταται το επίκεντρο της κοινωνικής συνείδησης μεταξύ των ευρωπαϊκών λαών και έχει αποκτήσει ασύγκριτη αξία. Είναι η κοινωνία που τον έχει ιεροποιήσει. Ο άνθρωπος δεν έχει εσωτερικό δικαίωμα σε αυτή την αίγλη που τον περιβάλλει (……). Είναι μόνον ο τρόπος με τον οποίο η κοινωνία τον αντιλαμβάνεται, η υψηλή υπόληψη που έχει προς ώρας γι’ αυτόν, όπως έχει προβληθεί και αντικειμενοποιηθεί. Έτσι, πολύ πέραν του να υπάρχει ο ανταγωνισμός ανάμεσα στο άτομο και την κοινωνία, όπως συχνά υποστηρίζεται, ο ηθικός ατομισμός, η λατρεία του ατόμου, όπως συχνά υποστηρίζεται, είναι στην πραγματικότητα το προϊόν της ίδιας της κοινωνίας. Είναι η κοινωνία που τον εγκαθίδρυσε και κατέστησε τον άνθρωπο τον θεό τον οποίο υπηρετεί.